荧光染料是生物分子标记的重要工具。荧光素衍生物可被广泛地标记在那些用于荧光显微镜、流式细胞仪和免疫荧光检测等领域的试剂上。通常，生物素、FITC等染料可任意标记在多肽N端或C端。但我们推荐N端标记，其成功率更高、所需时间更短、更易操作。由于多肽都是从C端往N端合成，所以N端修饰将是固相合成的最后一步，不再需要额外的偶联步骤。相反，如果是C端标记，则需要附加步骤，而过程会更复杂。
普通荧光修饰
| 荧光修饰中文名称 | N端 | N端带有linker |
| 生物素标记多肽 | Biotin- | Biotin-Ahx- |
| 异硫氰酸荧光素 | FITC- | FITC-Ahx- |
| 5-羧基荧光素 | 5-FAM- | 5-FAM-Ahx- |
| 丹磺酰荧光素 | Dansyl- | Dansyl-Ahx- |
| 5-羧基四甲基罗丹明 | TMR- （TAMRA-） | TMR-Ahx- （TAMRA-Ahx-） |
通过Lys侧链氨基连接的荧光修饰
| 多肽N端 | 多肽序列中间 | 多肽C端 |
| Lys(Biotin)- | -Lys(Biotin)- | -Lys(Biotin) |
| Lys(FITC)- | -Lys(FITC)- | -Lys(FITC) |
| Lys(5-FAM)- | -Lys(5-FAM)- | -Lys(5-FAM) |
| Lys(Dansyl)- | -Lys(Dansyl)- | -Lys(Dansyl) |
| Lys(TMR)- | -Lys(TMR)- | -Lys(TMR) |
| Lys(Dnp)- | -Lys(Dnp)- | -Lys(Dnp) |
我司常做的荧光物质的激发光波长和发射光波长
| 荧光基团 | Ex（nm） | Em（nm） | 荧光基团 | Ex（nm） | Em（nm） |
| 羟基香豆素 | 325 | 386 | R-phycoerythrin (PE) (489) | 565 | 578 |
| 丹磺酰氯 | 340 | 578 | Rhodamine Red-X | 560 | 580 |
| AMC | 345 | 445 | Tamara | 565 | 580 |
| 甲氧基香豆素 | 360 | 410 | Alexa fluor 555 | 556 | 573 |
| Alexa fluor 系列 | 345 | 442 | Alexa fluor 546 | 556 | 573 |
| 氨基香豆素 | 350 | 445 | Rox | 575 | 602 |
| Dabcyl | 453 | - | Alexa fluor 568 | 578 | 603 |
| Cy2 | 490 | 510 | Texas Red | 589 | 615 |
| FAM | 495 | 517 | Alexa fluor 594 | 590 | 617 |
| Alexa fluor 488 | 494 | 517 | Alexa fluor | 621 | 639 |
| FITC | 495 | 519 | Alexa fluor 633 | 650 | 668 |
| Alexa fluor 430 | 430 | 545 | Cy5 (625) | 650 | 670 |
| 5-FAM | 492 | 518 | Alexa fluor 660 | 663 | 690 |
| Alexa fluor 532 | 530 | 555 | Cy5.5 | 675 | 694 |
| HEX | 535 | 556 | TruRed | 490; 675 | 695 |
| 5-TAMRA | 542 | 568 | Alexa fluor 680 | 679 | 702 |
| Cy3 | 550 | 570 | Cy7 | 743 | 767 |
| TRITC | 547 | 572 | Cy3.5 | 581 | 596 |
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